Sejarah Yogyakarta yang Turut Mempertahankan Kemerdekaan Indonesia
Istimewa Yogyakarta mempunyai sejarah panjang mengapa kota tersebut dijadikan Daerah Istimewa oleh Republik Indonesia. Pada 5 September 1945 Kasultanan Ngayogyakarta Hadiningrat dan Kadipaten Paku Alam menyatakan kedaulatannya untuk menjadi bagian dari NKRI. Bagaikan pernikahan, Kraton Yogyakarta pada saat revolusi menjadi perlindungan paling aman bagi RI, sebagaimana Yogyakarta menjadi bagian dari keberagaman etnik dan menambah nilai-nilai perjuangan. Selain itu perannya dalam kemerdekaan RI sangatlah besar, walaupun dikenal sebagai kerajaan yang kuat, di bawah kolonialisme Belanda, Kasultanan Ngayogyakarta Memberi dukungan yang penuh terhadap NKRI dengan menyatakan selamat atas kemerdekaannya, dan pada 19 Agustus 1945 Dibalas oleh RI sebagai pernyataan bahwa Yogyakarta bergabung dengan NKRI. Berikut amanat yang pernah dibacakan oleh Sri Sultan Hamengkubuwono IX pada 5 September 1945:
Kami Hamengku Buwono IX, Sultan Negeri Ngajogjakarta Hadiningrat menjatakan:
Bahwa Negeri Ngajogjakarta Hadiningrat jang bersifat keradjaan adalah daerah istimewa dari Negara Republik Indonesia.
Bahwa kami sebagai Kepala Daerah memegang segala kekuasaan dalam Negeri Ngajogjakarta Hadiningrat, dan oleh karena itu berhubung dengan keadaan pada dewasa ini segala urusan pemerintahan dalam Negeri Ngajogjakarta Hadiningrat mulai saat ini berada di tangan kami dan kekuasaan-kekuasaan lainnja kami pegang seluruhnja.
Bahwa perhubungan antara Negeri Ngajogjakarta Hadiningrat dengan Pemerintah Pusat Negara Republik Indonesia, bersifat langsung dan Kami bertanggung djawab atas Negeri Kami langsung kepada Presiden Republik Indonesia.
Kami memerintahkan supaja segenap penduduk dalam Negeri Ngajogjakarta Hadiningrat mengindahkan Amanat Kami ini.
Ngajogjakarta Hadiningrat,
28 Puasa Ehe 1876 atau 5-9-1945
Dukungan yang diberikan oleh Yogyakarta tak berhenti disitu. Pada Januari 1946 saat Belanda ingin kembali menduduki Indonesia, Kasultanan Ngayogyakarta menawarkan untuk mengungsikan ibukota dari Jakarta ke Yogyakarta, menjadikan Yogyakarta sebagai ibukota untuk sementara. Perpindahan ini dilakukan untuk menghindari situasi yang tidak kondusif saat Belanda ada yang berusaha menguasai Jakarta, membuat Presiden Soekarno pada saat itu mengatur pemerintahan nasional dari kota Yogyakarta.